Włączenie integracji konta użytkownika w serwisie Fakturowo.pl z Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF) jest bardzo proste. Aby połączyć konto użytkownika Fakturowo.pl z Krajowym Systemem e-Faktur należy autoryzować połączenie z systemem KSeF. Dostępne są 3 alternatywne metody autoryzacji połączenia z systemem KSeF. Zalecaną metodą autoryzacji połączenia z KSeF jest token autoryzacyjny, możliwa jest również autoryzacja Profilem Zaufanym lub podpisem elektronicznym. Wszystkie metody autoryzacji zapisuje się na stronie - KSeF > Autoryzacja KSeF (szczegółowy opis każdej metody autoryzacji poniżej).